BallastWISE måler antal levende organismer ved hjælp af en patent anmeldt målemetode (MFA, Motility and Fluorescens Assay). Ved hjælp af bevægelsesanalysen detekteres antal levende dyreplankton og ved hjælp af variabel fluorescens metoden (PAM) detekteres antal levende alger og/eller organismer som indeholder klorofyl. Grænseværdierne for disse to organismegrupper er meget lave og derfor vanskelige at måle. Målemetoden er fuldt automatiseret og kan bruges af havnemyndigheder, shippingselskaber, producenter af ballastvandsystemer med flere.